Pirminė Vilkaviškio vyskupijos Krikščioniškosios kultūros centro vidurinės mokyklos užuomazga buvo 1989 m. rugsėjo 1 d. įkurta Č.Sasnausko choro studija, kurioje vaikai giedojo bei buvo mokomi groti.

Vilkaviškio vyskupijos Krikščioniškosios kultūros centro vidurinės muzikos mokyklos darbo pradžia – 1992-ieji. Mokyklą pradėjo lankyti 38 pirmų- ketvirtų klasių mokiniai. Mokykla iškart išsiskyrė meninių disciplinų dėstymu. Jai vadovavo rektorius kunigas Gracijus Sakalauskas. 1994 metais Vilkaviškio vyskupijos KKC rektoriumi paskirtas kanauninkas Donatas Jasulaitis, o mokyklos direktoriumi – Revalis Pliskus. Nuo 1998 metų mokyklai vadovauja kan. Donatas Jasulaitis.

Daugiau kaip per dešimtmetį mokykla labai išaugo. Atliktas pastato remontas, akį traukia jaukios, estetiškos pradinės klasės, nauji fizikos-chemijos, tikybos, užsienio kalbų kabinetai, koncertų salė, žaidimų kambarys, biblioteka, teniso salė.

2007 m. rugsėjo 1-ąją KKC vidurinę mokyklą pradėjo lankyti 257 mokiniai, juos ugdo 32 pedagogai – iš jų 10 metodininkų, 13 vyresniųjų mokytojų, 9 pedagogai, turintys mokytojo kvalifikacinę kategoriją. Beje, šių metų rugsėjo pirmąją pradėta vykdyti vidurinio ugdymo programa, į vienuoliktą klasę susirinko 16 mokinių. Sukomplektuotos dvi pirmosios klasės, priešmokyklinio ugdymo grupė. Savo paslaugas mokykloje teikia socialinis pedagogas, logopedas, veikia paailgintos darbo dienos grupė.

Kasmet mokiniai dalyvauja savivaldybės olimpiadose. Mokykla gali didžiuotis puikiais specialistais ir mokinių laimėjimais humanitarinių mokslų srityje. Gana sėkmingai mokiniai pasirodo meninio skaitymo konkursuose, technologijų, dailės olimpiadose. 2005-2006m.m. savivaldybės meninio skaitymo konkurso nugalėtoja – Aušra Kėvelaitytė (konkursui rengė lietuvių kalbos vyresnioji mokytoja Romualda Šulinskienė). Ji dalyvavo respublikiniame meninio skaitymo konkurse Švenčionyse. Vertimų konkurse „Tavo žvilgsnis“ puikiai pasirodo anglų kalbos vyresniosios mokytojos Ingos Jočionienės vadovaujami moksleiviai: Erika Bražinskaitė, Dovilė Giedraitytė, Joana Difartaitė, Eglė Kalėdaitė, Ieva Pangonytė ir kt.

Savivaldybės dailės olimpiados nugalėtoja 2006-2007 m.m. – Eglė Svirskytė (mokytoja metodininkė Skirmantė Makarevičienė) atstovavo Marijampolei Utenoje. 2007-2008 m.m. Alberta Saukaitytė Lietuvos mokinių dailės olimpiados Marijampolės sav. etape užėmė 2 – ąją vietą, Dominykas Vakrinas technologijų olimpiadoje užėmė I-ąją vietą, Ieva Pangonytė – 3 – ąją vietą (mokyt. Skirmantė Makarevičienė).

Mokyklos pedagogai rengia metodinius užsiėmimus Marijampolės savivaldybės pedagogams. Gana dažnai savo patirtimi dalijasi pradinių klasių mokytojos, muzikos ir dailės pedagogai.

Vilkaviškio vyskupijos KKC vidurinė mokykla 2003/2004m.m. pasirinko kryptingo meninio ugdymo programą, todėl ypatingas dėmesys skirtas papildomo ugdymo organizavimui, meninių kolektyvų veiklai. Meninio ugdymo tikslas – ugdyti kūrybišką, aktyvią ir emocingą, estetinei ir kultūrinei patirčiai atvirą, prasmingai savo kūrybines išgales tenkinti gebančią asmenybę, teikti kiekvienam vaikui būtiną meninį išprusimą ir raštingumą.

2007 m. prie Vilkaviškio vyskupijos Krikščioniškosios kultūros centro pradėjo veikti meno mokykla, kurią lanko visi KKC vidurinės mokyklos mokiniai. Čia moksleivius moko 11 mokytojų metodininkų, 7 vyresnieji mokytojai ir 2 mokytojai. Meno mokykloje yra dėstomi fortepijono, chorinio dainavimo, dainavimo, smuiko, violončelės, fleitos, saksofono, vargonų, dailės ir choreografijos dalykai. Vykdomos saviraiškos, pradinio, pagrindinio, išplėstinio meninio ugdymo programos. Veikia ankstyvojo meninio ugdymo grupės, kurias gali lankyti mažyliai iki 5 metų, o taip pat besilaukiančios mamytės.

Programos orientuojamos į kūrybinę ir meninę veiklą, siekiant integruoti ugdymo turinį, skatinti ir plėtoti moksleivių saviraišką, aktyvinti meno kolektyvų, pedagogų meninę veiklą, kelti jų profesinį meistriškumą. Įvairias meninio ugdymo programas mokykla siūlo atsižvelgdama į mokinių poreikius, gebėjimus ir brandą.

Mokykloje parengtas ugdymo planas ir ugdymo programos reglamentuoja ugdymo tęstinumą meninio profilio įstaigose, užtikrina galimybę mokykloje turėti brandžius meno kolektyvus, siekiant reprezentuoti ir aktyvinti regiono kultūrinį gyvenimą bei sudaro sąlygas mokyklos bendruomenės kūrybinei veiklai.

Jaunučių, merginų, berniukų chorai bei ansambliai, styginių ansamblis dalyvauja ne tik mokykloje, mieste organizuojamuose renginiuose, bet ir respublikiniuose konkursuose bei festivaliuose.

Džiugina ir solistų (pianistų, stygininkų) pasirodymai. Daug laimėjimų yra pasiekusi pianistė Kamilė Zaveckaitė, kurią ugdo mokytoja metodininkė Angelė Radzevičienė. Tai respublikinio konkurso „Muzika ir aš“, Kauno krašto pianistų maratono, B. Dvariono jaunųjų pianistų ir stygininkų konkurso baigiamojo turo dalyvė, tarptautinio konkurso „Gradus ad Parnassum“ diplomantė.

Mokyklos jaunių choras – 2005 metų Moksleivių dainų šventės dalyvis, respublikinio konkurso „Mes – Lietuvos vaikai“ regioninio turo 1- osios vietos laimėtojas, tarptautinio festivalio „Džiūgaukim… Aleliuja“, respublikinės dainų šventės „Būties ratu“ dalyvis(choro vadovė –pavaduotoja neformaliam ugdymui, mokytoja metodininkė Daiva Žardeckienė). Jaunučių choras – J.Gruodžio meno ir muzikos mokyklų choro festivalių dalyvis, konkurso ‚Mes – Lietuvos vaikai“ regioninio turo 1- osios vietos laimėtojas. Mišrus ansamblis – konkurso „Dainų dainelė 2006“ – respublikinio turo dalyvis (kolektyvų vadovė – Daiva Žardeckienė). Moksleivė Ieva Pangonytė – konkurso „Dainų dainelė 2006“ respublikinio turo dalyvė, tarptautinio konkurso „Dainuoju Lietuvai‘‘, respublikinio festivalio „Kotita ir draugai“, „Rasos lašeliai“ ir valstybinių švenčių dalyvė. 2007m. M. K. Čiurlionio menų gimnazijoje apdovanota „Renkame geriausią vaiką menininką“ nominacija (mokytoja Daiva Žardeckienė).

Nemažai laimėjimų pasiekė choreografijos kolektyvas „Pa de grasse“ ( vadovė – mokytoja metodininkė Ermana Grincienė). Jaunas kolektyvas yra respublikinio mažųjų šokėjų konkurso „Ant stogo“ antrosios vietos laimėtojas 2005, 2006, 2007m., tarptautinio festivalio „Skleisk, vaikyste, sparnus Marijos žemėj – Lietuvoj“, respublikinių festivalių „ Šitam dideliam būry“, Šok, trypk“ dalyvis. Didžiausias kolektyvo laimėjimas – 2 –oji vieta respublikiniame šiuolaikinio šokio konkurse „Norim kilt“.

Parodos, kurias rengia dailės besimokantys moksleiviai, vadovaujami mokytojų Jolitos Bičkienės, Skirmantės Makarevičienės ir Jūratės Balaikienės žavi lankytojus. Iš respublikinių, tarptautinių vaikų ir moksleivių piešinių konkursų parkeliauja nugalėtojų diplomai, padėkos raštai, dovanos.

Respublikiniame piešinių konkurse „Besišypsanti vaikystė“ Matas Taurokas apdovanotas diplomu (vyresnioji mokytoja Jūratė Balaikienė). Moksleiviai noriai dalyvauja netradicinės mados konkursuose. Iš Ignalinoje vykusio Respublikinio konkurso parsivežtos „meniškiausios“ ir „nuotaikingiausios“ kolekcijų nominacijos (mokytojos Jolita Bičkienė ir Skirmantė Makarevičienė).

Per eilę metų susiformavo mokyklos tradicijos- kasmet prieš šv. Kalėdas mokyklos bendruomenė ir visuomenė kviečiama į mokykloje rengiamą sakralaus susikaupimo – Advento vakarą. Kasmet mokyklos pedagogai sėkmingai organizuoja Marijampolės apskrities bendrojo lavinimo ir neformaliojo vaikų švietimo įstaigų moksleivių instrumentinės muzikos ansamblių festivalį, kuriame dalyvauja per 40 įvairios sudėties kolektyvų iš Marijampolės, Vilkaviškio, Kazlų Rūdos, Kalvarijos ir Šakių ugdymo įstaigų. Tai išties nuostabi, dvi dienas trunkanti jaunųjų talentų šventė. Metų pabaigoje rengiamas baigiamasis koncertas – paroda, į kuriuos kviečiami mokinių tėvai, mokytojai, visuomenė. Vykdomi projektai „Tautos tradicijos ir papročiai“, „Atrask ir pažink save“, „Nojaus arka“, švenčiamos kalendorinės šventės, „Abėcėlės“ šventė, Mokytojo diena, vyksta teminiai muzikos vakarai. 2007m. pavasarį Vilkaviškio vyskupijos Krikščioniškosios kultūros centras ir vidurinė mokykla pasitiko gražų 15- os metų veiklos jubiliejų.